Доступ к файлу cron.php будет разрешён с локального хоста и с IP-адреса xxx.xxx.xxx.xxx (нужное количество разрешённых адресов можно написать через пробел). Запись в файле .htaccess:
<Files cron.php>
Order deny,allow
Allow from 127.0.0.1 xxx.xxx.xxx.xxx
Deny from all
</Files>