Тема оформления Clean реализует минималистический подход. Это базовая тема, которая содержит минимальное количество оформления и очищает стандартные стили, которые находятся в папках модулей. Эта тема аналогична использования файла reset.css для начала разработки собственной темы, но сделанная в форме темы Друпала и позволяющая разрабатывать свои темы, используя её в качестве базовой.
Лучший способ работать с темой Clean, это использовать её в качестве базовой и начинать разработку своей темы с записи в .info-файле: base theme = clean. Сохраняйте тему Clean в папке sites/all/themes, а каждую свою тему на её основе в папке sites/[site]/themes.
В тему Clean входят две подтемы: светлая на тёмном фоне и стандартная с переменной шириной. Если вы хотите использовать какую-либо из этих подтем в качестве базовой темы, то начинайте разработку своей темы с записи в .info-файле: base theme = clean_dark или base theme = clean_liquid.
Использование такого подхода позволит избежать изменений в самой теме Clean. Лучше не вносить изменения в код этой темы по тем же причинам, по которым не стоит править ядро системы. В этом случае, вы также сможете извлечь пользу из будущих обновлений темы.